Neustrašivi Meksikanac svoj doprinos povijesti boksa dao je i u četiri nezaboravne borbe s
Mannyjem Pacquiaom.
U prvoj 2004. tri je puta završio na podu već u prvoj rundi. Tada je izgledalo da neće još dugo izdržati, ali je 'Dinamita' u potpunosti preokrenuo meč i na kraju došao do remija. Sudačke kartice bile su na sve strane - 115-110, 110-115 i 113-113, ali treba dodati da je sudac Burt A. Clements koji je meč bodovao neodlučeno priznao svoju grešku, jer je prvu rundu bodova 10-7 umjesto 10-6 za Filipinca i time mu uskratio pobjedu.
Ponovno su se sreli četiri godine kasnije i 'Pac-Man' je slavio donekle dvojbenom podijeljenom odlukom. Treći susret otišao je ponovno na stranu Pacquiaoa uz najopravdanije negodovanje zbog bodovanja.
Marquez je uzbudljivu priču iz povijesti boksa završio noakutom u četvrtom okršaju 2012. Nakon što su se obojica prethodni našli u nokdaunu, Marquez koji je zaostajao na bodovnim kartucama u posljednjim sekundama šeste runde savršenom kontrom desnicom poslao je Pacquiaoa na spavanje. To mu je bio prvi poraz noakutom 13 godina.
Prisjećajući se tih borbi, 43-godišnji Meksikanac izjavio je da je nokaut bio idealan kraj priče u kojoj smatra da je triput pokraden.
"Poslije četvrte borbe s Pacquiaom svi su bili sretni. Završena je spektakularnim nokautom, svi su slavili i mislim da su bili sretniji od mene. Puno ljudi nije moglo suzdržati emocije i zaplakali su. Bio sam vrlo uzbuđen i osjetio sam olakšanje zbog svih tih krađa koje sam pretrpio u prethodnim borbama s njim."
"Dok smo proslavljali pobjedu u ringu Dr. Gatica mi je rekao: "Juane, Pacquiao se ne ustaje". Odgovorio sam mu doslovno: "'Ko mu jebe mater'. Rekao je da je dobio treću borbu, ali odmah sam požalio što sam to rekao i pomislio da sam mogao i ja biti na njegovom mjestu. Odmah sam otišao do njega. To suparništvo je postajalo sve više osobno i završio sam ga na način na koji mnogi nisu vjerovali da je moguć."
S druge strane i sam Pacquiao se našao žrtvom i težih sudačkih krađa, kao u njegovoj prvoj borbi s Timothyjem Bradleyem ili u posljednjoj s Jeffom Hornom.